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基金治理结构是基金管理人、基金托管人、基金持有人以及其他利益相关主体之间相互结合所产生的有机关系结构，根据基金组织制度的不同，基金治理结构可以分为公司型基金的治理结构和契约型基金的治理结构。公司型基金的治理结构是以委托代理关系作为基金股东与董事会、基金管理人及基金托管人之间关系的结构，而契约型基金的治理结构是以信托关系作为基金持有人与基金管理人和基金托管人之间关系的结构。

其中公司型基金的治理结构和契约型基金的治理结构都需要对基金的剩余控制权和剩余索取权进行分配，以满足基金管理人效用最大化和基金投资者利益最大化的需求。